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Spécialité Biologie et Ecologie Marines (BEM) ....

Les objectifs de la formation

Le diplôme de Master Recherche d’Océanographie spécialité Biologie Écologie Marine, BEM est un diplôme de l’Université d’Aix Marseille. La Responsable de cette spécialité est le Pr Valérie Michotey
(valerie.michotey@univ-amu.fr).
Cette formation s’adresse aux étudiants ayant suivi un cursus Licence de Biologie (SV, Biochimie, Bio cellulaire ) ou licence environnement (SVT, STE, Biologie des populations) avec des unités de biologie en Licence. Cette spécialité commence au S2 du Master 1, après un tronc commun correspondant au S1 du M1 Océanographie

Ce diplôme ouvre des perspectives d’emploi dans différentes problématiques de l’environnement en relation avec la composante biologique (espèces, ensembles fonctionnels) des écosystèmes.

L’étude des écosystèmes marins, de leur composante biologique et des interactions avec les paramètres de l’environnement, constitue aujourd’hui une nécessité impérative pour plusieurs raisons.

(i) L’exploitation anarchique de la ressource que constituent ces écosystèmes a atteint ses limites ; leur exploitation durable doit se baser sur la compréhension d’un fonctionnement très complexe dont on commence à peine à comprendre quelques mécanismes et processus.

(ii) La variabilité naturelle des systèmes biologiques, à toutes les échelles d’organisation (du gène à l’écosystème), de temps et d’espace, est mal connue ; cela rend difficile la perception de la vraie dimension des perturbations, naturelles et anthropiques.

(iii) Aux perturbations naturelles s’ajoutent des perturbations d’origine anthropique (exploitation des ressources, pollution, action de l’homme sur le climat, etc.) dont les mécanismes et les synergies sont mal connus.

(iv) Le rôle du compartiment microbien est fondamental dans le fonctionnement des écosystèmes et de leur état sanitaire, leur l’extraordinaire diversité, taxonomique et fonctionnelle doit être prise en compte

(v) La demande sociétale en vue de la préservation de l’environnement marin exige des bases scientifiques et théoriques solides afin de comprendre les mécanismes et les régulations à court et moyen terme des changement climatique et des actions humaines. La formation proposée donnera aux futurs scientifiques, ainsi qu’à la catégorie de gestionnaires qui se positionne entre la science et sa déclinaison en termes de gestion, les bases conceptuelles et les outils leur permettant de répondre à ces défis.

Cette spécialité sera réalisée à travers les deux options suivantes.


Option Ecologie Marine Théorique (EMT)
L’écologie est une discipline dont la composante théorique s’est fortement développée depuis les années 1960s. Cette tendance s’est accompagnée par l’utilisation massive de la modélisation mathématique et informatique des processus écologiques, notamment dans les domaines de la dynamique et de la génétique des populations et de l’évolution. Cette option du master 1 et 2 d’Océanographie a pour objectif de former des spécialistes de l’écologie théorique dans le domaine marin, capable de manipuler les concepts de l’écologie, de développer et d’interpréter des modèles dans le but de comprendre le rôle des organismes vivants dans le fonctionnement des écosystèmes, d’intégrer les connaissances en écologie marine dans la modélisation et de comprendre l’évolution de la biodiversité. Une attention particulière sera portée aux fluctuations et perturbations, naturelles et anthropiques, dans un contexte de changement global et aux techniques et méthodes spécialement adaptées aux sciences de la vie et de l’environnement (biologie moléculaire, statistiques spatiales et temporelles, modélisation).

Option Ecologie Marines Fondamentales et Appliquées (EMFA)
Dans cette option, la contribution des modèles spécifiques au milieu marin (modèles biologiques, adaptations, modèles d’écosystèmes) au fonctionnement de la biosphère sera mise en avant. Là également, une attention particulière sera portée aux fluctuations et perturbations, naturelles et anthropiques dans le contexte du changement global, en s’appuyant sur des méthodologies modernes (outils moléculaires, informatique). Les enseignements porteront sur les méthodes permettant de tirer les informations d’un ensemble de données pour en émettre des hypothèses, sur l’analyse critique des conclusions, en particulier à partir de la littérature scientifique et sur l’approche scientifique de la biologie de la conservation.

Les enseignements

Les enseignements du premier semestre du M1 du Master d’Océanographie correspondent a un tronc commun quelle que soit la spécialité choisie. Les spécialités (BEM, OPB ou Pro) commencent au semestre 2 du Master 1. La presque totalités des enseignements se déroulent sur le campus de Luminy à Marseille.

Unité du 1er semstre du M1 Océanographie, tronc commun
Libellé de l’UECréditscoursTDTPspecialité/ parcours
Océanographie Générale 6 40 20 obligatoire OPB, BEM, Pro
Océanographie Biologique 6 30 20 10 obligatoire OPB, BEM, Pro
Océanographie Chimique 6 24 16 20 obligatoire OPB, BEM, Pro
Anglais 6 39 obligatoire OPB, BEM, Pro
Océanographie physique 6 24 36 optionnelle, accessible selon prérequis
Outils mathématiques pour les Sciences de l’Environnement 3 12 14 obligatoire si compétence non acquise en licence
Outils statistiques pour les Sciences de l’Environnement 3 12 12 obligatoire si compétence non acquise en licence
Projet en environnement I 3 optionnelle
Projet en environnement I 6 optionnelle
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descriptif UE S1

A l’issue d’entretiens pédagogiques individuels qui se déroulent au cours du Semestre 1 du M1, avec l’équipe pédagogique, les étudiants inscrits en M1 Océanographie, choisissent leur spécialité (OPB, BEM, ou Pro) . Il n’y a pas de quota, sauf pour la spécialité Pro.

Les enseignements du S2 spécialité BEM du master d’Océanographie

les enseignements sont répartis en enseignements obligatoires et optionnels. Les parcours ont pour but d’aider les étudiants dans leur choix d’UE, cependant, toutes les UE optionnelles sont accessibles aux étudiants des 2 parcours (EMFA et EMT)

Les enseignements du 2eme semestre du M1 Océanographie spécialité Biologie Ecologie Marine (BEM)
Libellé de l’UEcrédits ECTSCoursTDTPspécialité/ parcours enseignants
BEM 202 Méthodes quantitatives avancées pour le milieu marin 6 24 26 ob BEM, Nerini D
BEM 2011 Ecologie Microbienne et fonctionnement des écosystèmes 6 30 12 18 op BEM Michotey V
Militon C
BEM 201 Génétique des populations et phylogéographie 6 24 26 op BEM Aurelle D
BEM 203 Perturbations naturelles et anthropiques 6 40 10 op BEM Banaru D
Botha D
Millet B
OPB 207 Nutrition minérale des producteurs primaires 6 30 20 10 op BEM Queguiner B
Thibault D
OCE 201 Stage 6 op stage 1 mois en cours semestre
BEM 205 Indicateurs de qualité du milieu marin 6 25 15 20 op EMFA Botha D
Michotey V
BEM 206 Stratégie adaptative des organismes marins 6 30 10 10 op
EMFA
Banaru D
OPB 211 Paléoclimatologie et paléoocéanographie 6 30 20 op
EMFA
Robert C
OPB 209 Initiation à la modélisation côtière 6 18 42 op
EMFA
Pinazo C
Millet B
BEM 07 Initiation à l’économie de l’environnement 6 50 op
EMFA
BEM 208 Hétérogénéité des écosystèmes marins 6 30 20 op EMT Poggiale JC
Militon C
OPB 208 Analyse de séries chronologiques et traitement de signal 6 30 30 op
EMT
BEM 209 Modélisation en environnement marin 6 24 26 op
EMT
Poggiale JC
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descriptif UE S2

Ce master est sur la liste dérogatoire du ministère permettant une sélection entre le M1 et le M2. L’entrée en M2 est soumise à une sélection se basant sur les résultats universitaires en tenant compte de la difficultés des unités suivis au M1, sur la motivation du candidat et sur son attitude. Environ 25-30 étudiants sont sélectionnés chaque année. Les candidats au M2 de cette spécialité sont encouragés à postuler à différents Masters.

Les unités du M2 spécialité BEM

Tous les enseignements sont optionnels. A l’issue d’entretiens pédagogiques individuels qui se déroulent le jour de la rentrée, les unités suivies par chaque étudiant sont définies. Les parcours ont pour but d’aider les étudiants dans leur choix d’UE, cependant, toutes les UE optionnelles sont accessibles aux étudiants des 2 parcours (EMFA et EMT).

Enseignements du M2 de la spécialité BEM du master d’Ocanographie
Libellé de l’UECrédits ECTSCoursTDTPEnseignants
EMM : Écologie microbienne marine avancée 6 30 6 14 Michotey V
Militon C
Cuny P
+ chercheurs MIO
ACLAP : Apprentissage classification et prévision 3 20 10 Nerini D
AERME1 : Approche Écosystème ressource Marine exploitée I 3 20 10 Chercheurs IRD sète
AERME2 : Approche Écosystème ressource Marine exploitée II 3 20 10 Chercheurs IRD sète
PROT 1 : Protection restauration Gestion Durable 1 3 20 10 Banaru D
Aurelle D
PROT 2 : Protection restauration Gestion Durable 2 3 20 10 Banaru D
Aurelle D
CONT : Hydrocarbures et contaminants organiques : devenir et impact 6 36 16 8 Cuny P
Militon C
SDME : Système dynamique en écologie 3 20 10 Poggiale JC
Gauduchon M
SPAT : Statistique spatiale 3 18 12 Monesthiez P
EVACO : Évolution adaptation et co- évolution 6 30 20 Gauduchon M
SIG :Système d’information géographique 6, 15 15 intervenant extérieur
Évolution des génomes, outils bio informatiques 6, 24 10 16 Deniel E
Aurelle D, Militon C Hingamp P, ...
Écologie des paysages 3 15 15
Écotoxicologie 3 15 15 Thiery A
Auffan M
Issartel J
Invasions Biologiques marines 3 20 10 Boudouresque CF
Stage de 4-6 mois minimum (pendant période mi janvier-15 juin) 30
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descriptif UE S3

INSCRIPTION

Pour l’année 2012 - 2013, les dossiers d’inscriptions doivent parvenir au secrétariat le 25 juin 2012. Les dossiers réceptionnés après cette date seront analysés en fonction des places disponibles.
L’équipe pédagogique analyse les dossiers et conseille les étudiants en fonction de l’adéquation des enseignements proposés dans ce diplôme avec les enseignement antérieurs de Licence. Notre formation comporte un volet en mathématique et statistiques appliqués aux études environnementales , et les étudiants qui candidatent sont informés de leur chance de réussite au vue de leurs résultats antérieurs.

Renseignements complémentaires

pour plus de détails sur les stages proposés et sur le devenir des étudiants voir ICI